Le XVIIIe siècle, début de la classification moderne avec une vision de l'homme proche du singe :
Les premières classifications modernes sont l'oeuvre de naturalistes au XVIIIe siècle. En 1758 Carl Von Linné cré un système de classification encore utilisé de nos jours. Il propose un système hiérarchique qui nomme les espèces par 2 noms latins : un pour le genre et l'autre pour l'espèce. Ainsi l'homme moderne Homo sapiens, est du genre Homo et de l'espèce Homo sapiens. Il sera le premier à ranger l'homme parmi les primates, ce rapprochement visionnaire sera battu en brèche au siècle suivant avant de revenir au XXe siècle définitivement. Néanmoins Linné est fixiste et veut retrouver l'ordre divin immuable inscrit dans la nature au moment de la création, Buffon dira de lui : "Dieu a créé, Linné a classé".
Ainsi situer l'homme près du singe ne le gênera pas, c'est que Dieu l'a voulu ainsi .
La classification des organismes vivants fonctionnent ainsi par des groupes imbriqués de plus en plus restreint :
Règne - Embranchement - Classe - Ordre - Famille - Genre - Espèces, et d'éventuelles groupes intermédiaires (sous-familles...). Ainsi l'homme appartient à l'ordre des primates, famille des hominidés, sous-famille des homininés, genre Homo, espèce Homo sapiens.

Le XIXe et la moitié du XXe siècle, avancé des théories de l'évolution et anthropocentrisme :
Puis Buffon amorcera une période d'obscurantisme et d'anthropocentricisme. Si celui-ci amènera l'idée du transformisme, malheureusement il éloignera l'homme du singe. Les singes se voient relégués parmi les animaux tandis que l'homme est à part; le XIXe est une période où la peur du singe sera marquée et très présente dans la littérature. Lamarck dans la droite ligne de sa théorie de perfectionnement des espèces, estime que l'évolution se fait par étages. Toujours dans l'idée d'un éloignement des singes et des hommes, les hommes auraient poursuivi leur évolution tandis que les singes auraient eux arrêté d'évoluer. Avec des notions conséquentes de supériorité évolutive, de l'homme sur les grands singes et eux-même sur les singes à queues. De tels raisonnement erronés sont encore présent parfois de nos jours. Darwin, lui, dira : "ne dites jamais inférieur ou supérieur". En effet trop visionnaire pour son époque il comprendra que l'évolution ne s'arrête pas à un étage différent selon les espèces. Toutes les espèces à un instant donné sont aussi évoluées les unes que les autres, mais leurs évolutions ont suivis des voies différentes.
Il faudra 200 ans pour que l'homme retrouve sa place près du singe dans la classification du vivant. La fin du XXe siècle, grâce au décryptage du matériel génétique des espèces, situera définitivement les grands singes plus près de l'homme que des autres singes.

Les origines de l'homme et la quête du chaînon manquant :
Darwin en 1871, amène l'idée d'une origine Africaine de l'homme et de part la proximité de l'homme, des chimpanzés et des gorilles, d'un ancêtre commun à l'origine de la lignée des grands singes et de celle de l'homme. Il juge même les chimpanzés et les gorilles plus proches de l'homme que des derniers grands singes asiatiques : les orang-outans.
En ce qui concerne l'origine des espèces, il avance qu'à partir d'un ancêtre commun pour que 2 espèces se séparent il faut un obstacle, le plus souvent géographique, on parle de spéciation géographique. 2 groupes évoluent alors indépendamment et forment 2 espèces issues d'un même ancêtre. Ainsi les grands singes évolueront "sur place" tandis que l'homme évolue en conquérant le monde. Cela montre que toute classification est la conséquence d'une évolution, cette classification évolutive est la cladistique (cf. plus bas).
Lorsque Darwin parle d'ancêtre commun entre l'homme et les grands singes, ses contemporains, emprunt d'anthropocentrisme, préfèrent parler de "chaînon manquant". Cela permet de garder une distance entre l'homme et les grands singes, un intermédiaire, ce chaînon manquant. Pierre Dac disait avec esprit à ce sujet :"Le chaînon manquant entre le singe et l'homme c'est nous."
L'avenir donnera raison à Darwin et il faudra pratiquement 1 siècle pour que ses théories soient réellement comprises et admises. Ces idées nourriront des théories modernes comme "l' east side story" d'Yves Coppens, théorie selon laquelle les grands singes Africains et la lignée des hommes se sont séparés lors d'accroissement du rift Africain, éloignant 2 groupes de même origine (les futurs hommes à l'est et la lignée des grands singes à l'ouest), qui se retrouvent alors dans des conditions climatiques très différentes. Nnéanmoins cette théorie a été mise à mal par la découverte récente d'un ancêtre de l'homme au Tchad daté de 7 millions d'années "Tumaï" (sahelanthropus tchadensis), même Yves Coppens estime sa théorie moribonde face à cette découverte, le berceau de l'humanité ne semble plus être "seulement" dans l'est Africain.
A la recherche d'un ancêtre commun, 2 modèles d'origine de l'homme s'opposent : un modèle dit "troglodytien" (en référence au chimpanzé) où un gros cerveau précède la bipédie se situant vers l'Afrique, et un modèle dit "hylobatidien" (en référence au gibbon) où la bipédie précède le développement d'un gros cerveau se situant vers l'Asie. C'est le premier modèle qui remportera l'adhésion de la grande majorité et qui est encore enseigné de nos jours.

Un chaînon manquant en mosaïque ?
Plus que nos mythes, nos idéologies interfèrent de manière incidieuse dans les façon de reconstituer les origines et l'évolution de l'homme. Ainsi au début du XXe siècle il était difficile d'admettre une origine de l'homme hors d'Europe, ce qui va porter préjudice à de grande découvertes et aller jusqu'à la supercherie. Ainsi plusieurs "chaînons manquants" vont se succéder :
Le pithécanthrope de Dubois : découvert en 1891 par Eugène Dubois à Java du Pithecanathropus erectus, bipède cadrant avec le modèle hylobatidien. Ne répondant pas au modèle troglodytien, et surtout n'ayant pas été trouvé en Europe, cette découverte sera récusée à l'époque par la communauté scientifique, qui pense qu'il s'agit d'un Gibbon fossile géant. En fait ce fossile était celui du premier Homo erectus découvert !!!
L'homme de Piltdown : découvert en 1911 près de la Tamise. Répond au modèle troglotydien, a été découvert en Europe "comme il se doit", flatte l'ego Britannique en manque de vestige digne de ce nom à l'époque, colle avec la pensée occidentale. Mais c'est une fumisterie, qui dans ce contexte perdurera 40 ans !!! Il s'agissait d'un assemblage de morceaux de crâne d'homme moderne et d'une mandibule d'orang-outan, le tout patiné chimiquement !!!
L'australopithèque de Dart : découvert en 1924 par l'équipe de Raymond Dart en Afrique du sud. C'est "l'enfant de Taung". Qui se situe près des origines de l'homme. Correspondant au modèle hylobatidien et non découvert en Europe, il connaitra le même sort que le pithécanthrope de Dubois, faisant pâle figure face à "l'homme de Piltdown", et c'était pourtant une découverte exceptionnelle d'Australopithecus africanus. Mais sous l'impulsion de Raymond Dart les recherches autour des Australopithèques se poursuivront en Afrique du sud. Mais la séparation Austraolipthèque-homme et la divergence grands singes-hommes reste mystérieuse.
L'oréopithèque de Toscane : découvert en 1950 (la supercherie de Piltdown était dévoilée). Mais il s'agit d'un singe d'une autre lignée éteinte vers 8 millions d'années, qui enterre définitivement le modèle hylobatidien pour l' origine de l'homme, la fraude de piltdown mettant fin à la pensée eurocentrique.
Le ramapithèque et le sivapithèque d'Asie : dans la 2eme moitié du XXe siècle l'attention est portée sur ces fossiles qui ont entre 7 et 14 millions d'années (période pauvre en fossile pour l'Afrique mais pas en Asie). Mais en 1980 il est montré que ces 2 espèces n'en forment qu'une (mâle et femelle), et sont en fait plus proche dela lignée des orangs-outans, séparée des grands singes Africains il y a plus de 10 millions d'années. Il reste à l'époque les Australopithèque africains comme groupe précédent les premiers hommes.

Ces echecs successifs sonnent le glas d'une conception darwinienne d'un gradualisme phylétique, où l'évolution des espèces serait linéaire calqué sur des grades évolutifs successifs.

Actuellement si la séparation de notre lignée avec celle des orang-outan remonte à environ 15 millions d'années, celle avec les grands singes africains vers 7 millions d'années, ayant chacun continué à évoluer parallèlement, il est délicat d'établir des critères strictes. Ainsi différents caractères qui nous sont propres ne sont pas apparus en s'ajoutant les uns aux autres chez nos ancêtres au fur et à mesure que le temps passait. Les caractères se répartissent en mosaïque, il n'y a pas (pour prendre le caractère le plus célèbre) une mais des bipédies qui se retrouvent dans diverses espèces au cours des âges. Ainsi il est probable que différents caractères que l'on retrouvent aujourd'hui chez l'homme se retrouvaient dispersés en mosaïque chez de nombreuses espèces au cours du temps, exprimés de différentes manières. L'histoire de la vie n'est pas un arbre mais un buisson fourni et au bout d'une des inombrables brindilles (parmis celles qui poussent encore) se cache l'homme moderne.

Rien n'est plus faux que l'image d'épinal retrouvée partout, d'une succession de singes de plus en plus humain se redressant progressivement.

Notions de technique de classification en paléontologie :
Classer les espèces, trouver les relations phylogéniques est délicat. La Cladistique est basée sur les relations de parentés entre les êtres vivant, la phylogénie. A ne pas confondre avec la généalogie, la phylogénie permets de rapprocher des espèces qui possèdent des caractères communs issus d'un ancêtre commun, la généalogie dit qui descend de qui. Ainsi je suis plus proche de mon frère que de mon cousin est de la phylogénie, je suis issu de mon père est de la généalogie.

La Cladistique s'efforce de créer des groupe dit "monophylétiques", c'est-à-dire un groupe comprenant un ancêtre commun et tout ses descendants. Cela modifie quelque peu des notions communes. Ainsi le groupe des reptiles n'est pas monophylétique et n'a aucun sens en Cladistique, il ne forme pas un Clade mais un grade évolutif. En effet les crocodiles, membre des reptiles, sont plus proches des oiseaux que des lézards, ces derniers aussi membre des reptiles, à regarder extérieurement ces organismes dans leur globalité cela n'est pas évident. Le groupe des reptiles est paraphylétique car il ne regroupe pas un ancêtre et tout ses descendants, certains reptiles sont plus proches de groupes extérieurs (crocodiles et oiseaux).
La cladistique abouti à des arbres avec des branches et des noeuds, les bifurcations donnant naissance aux branches. Ces bifurcations sont liés à des caractères différents sur les 2 branches qui suivent, caractères dits dérivés propre au groupe de la branche concernée. Cette notion est complexe car la classification ne se fait que sur des caractères dérivés et non pas primitifs (acquis d'un ancêtre commun anciens). La qualification de primitif ou dérivé dépend du niveau où l'on se trouve, ainsi un caractère primitif pour un groupe sera dérivé pour un groupe plus vaste englobant le groupe précédent.

En plus de la notion de dérivé et primitif, une autre difficulté provient du fait que des caractères retrouvés chez plusieurs espèces passées ou présentes ne sont pas forcément une preuve de lien entre elles. Ainsi seuls certains caractères sont à prendre en compte, les caractères que les espèces étudiées héritent d'un ancêtre commun.
On distingue :
• Les caractères analogues : il s'agit de caractères présents chez plusieurs espèces mais cela étant seulement lié à une même fonction sans lien entre les espèces. Ainsi les oiseaux, les chauve-souris, les ptérosaures ont des ailes qui se ressemblent et volent, mais ils les ont acquisent séparément, des ancêtres anciens que partageaient ces espèces ne possédaient pas d'ailes. Ce caractère de représente pas un lien.
• Les caractères homologues : Ce sont des caractères partagés par des espèces différentes et hérités d'un même ancêtre commun, ces caractères sont significatifs pour rapprocher ces espèces. Et comme vu précédemment seuls les caractères homologues dérivés (modification récente, spécifique) sont interprétables. Les caractères homologues primitifs ne sont pas fiables. Ainsi un ancêtre peut porter un caractère donné, puis bien plus tard 3 groupes distincts émergent depuis cette ancêtre. Mais le caractère primitif peut être présent chez certains et avoir disparu chez d'autres, indépendemment des groupes dernièrement formés, le caractère étant la trace de l'ancien ancêtre il se réparti indépendemment des groupes postérieurement formés. Ainsi se baser sur de tels critères entraineraient le rapprochement d'espèces de groupes contemporains séparés. Comme exemple, la présence d'une colonne vertébrale chez le rat est l'homme est un caractère homologue primitif, par contre les poils sont un caractère dérivé.

Ainsi en Cladistique lorsque l'on veut étudier des espèces, créer un arbre.On considère les caractères dérivées des espèces étudiées, puis on regroupe les espèces de façon à ne voir apparaitre que le minimum de modifications, on cherche l'arbre le plus parcimonieux en variation de caractères. Ainsi des caractères similaires rapprochent les espèces.