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A l'inverse du fixisme qui prônait une invariance des espèces, les animaux étant tels qu'ils sont actuellement et ceci depuis la création, le transformisme amène l'idée d'évolution, de modification des espèces avec le temps. Mais les modalités de cette évolution vont être largement débattues.

Les balbutiements de l'évolution, le début d'une idée de transformation des espèces:
Buffon dès le XVIIIe, face à ses estimations d'un âge de la Terre, qui si elles étaient loin de la vérité (il l'estimait à quelques centaines de milliers d'années), étaient d'une durée suffisante pour amener l'idée révolutionnaire que sur un si long laps de temps les espèces pouvaient se dégrader. Si l'évolution telle qu'elle sera abordée par la suite n'est pas encore présente, cette première idée ouvre la porte au transformisme. Culturellement, l'âge classique fondé sur la stabilité d'un ordre divin laisse la place à des systèmes politiques guidés par la liberté et le progrès. Ainsi Buffon s'opposera-t'il au fixisme et à Carl Von Linné, mais ce pas en avant s'accompagne d'un pas en arrière, car il va dans la même opposition éloigner le singe de l'homme (rapprochement fait par Linné), on assiste alors à une forte poussée de l'anthropocentrisme. Les théories de la transformation des espèces, puis de l'évolution des espèces, ont sacrifié le singe pour honorer l'homme.

La théorie transformiste de Lamarck, une évolution vers le perfectionnement où l'acquis est transmis :
Disciple de Buffon, Lamarck adhère à l'évolution des espèces, mais pour lui les espèces se transforment en se perfectionnant. Il élabore la première théorie scientifique cohérente de l'évolution : le transformisme (dans le système des animaux vivants). Ainsi le temps et les circonstances favorisent l'émergence de forme de plus en plus complexe, de plus en plus perfectionnées selon un processus évolutif. Il considère d'une part la tendance "interne" à se perfectionner et la réponse aux changements de milieu "externe". Pour la modalité de cette évolution, Lamarck croit en une hérédité des caractères acquis, la fonction crée l'organe pour Lamarck.Ainsi pour lui, les girafes ont un long cou car à force de vouloir attraper une nourriture haute perchée dans les arbres, le cou de celles-ci s'est allongé... Les individus sont actifs et agissent face aux contraintes de l'environement, grâce à leur tendance à se perfectionner, ils acquièrent des caractères et les transmettent. Si l'homme garde sa place privilégié dans la nature, Lamarck amène l'idée que la proximité entre le singe et l'homme est de nature généalogique. Il introduit la notion fondamentale d'antériorité et de descendance et invente la généalogie des espèces.
Mais Lamarck connaitra de violent détracteur, dont Napoléon qui dira face aux théories de Lamarck : "Ne touchez pas à ma bible". Afin de combattre le transformisme George Cuvier inventera le catastrophisme : dans la lignée fixiste, le catastrophisme avance que les espèces sont figées dans leur état jusqu'à ce qu'une catastrophe les éliminent et laisse place à une autre création...

La sélection naturelle de Darwin, pour qui persiste le mieux adapté, au hasard des évolutions :
Darwin fit une magistrale synthèse des connaissances disponibles en science naturelle pour proposer un processus capable de rendre compte des changements de la nature : la sélection naturelle. Si le principe du transformisme est le même que pour Larmarck, par contre, contrairement à ce dernier, il ne croit pas que la vie est une tendance propre à se perfectionner, il ne pense pas que l'évolution ait un but, et encore moins que ce but soit l'homme.
Il part de 3 principes : Les individus d'une même espèces ne possèdent pas les même atouts ni les mêmes faiblesses face aux conditions de l'environnement, il y a variation. Il y a compétition pour les ressources et seules les caractères avantageux survivent, les autres sont éliminés, c'est la sélection. Et donc seuls les caractères avantageux sont transmis par la reproduction, ainsi la population change, évolue. Les conditions de l'environnement étant indéterminées et changeantes, l'évolution n'a pas de but, elle avance par tâtonnement, graduellement, l'imperfection étant la base de cette évolution. Encore aujourd'hui une telle conception est malheureusement mal acceptée.
Cette vision est révolutionnaire, Darwin ne cherche plus une tendance à se perfectionner des organismes mais s'intéresse aux différences entre les individus d'une même espèces.
On voit la grande différence avec Lamarck, pour Darwin les individus ne sont pas actifs, soit ils possèdent le caractère et survivent, soit il ne le possède pas et dont éliminés. Pour reprendre l'exemple de la girafe, selon Darwin, certaines girafes ont un long cou, peuvent se nourir facilement, elles se reproduisent et transmettent ce caractère. D'autres sont nées avec un cou plus court, elles ont plus de mal à se nourir, survivent moins bien, se reproduisent moins et disparaissent.
D'autre part Lamarck pensait que certaines espèces avaient arrêté leur évolution comme les singes, et que d'autres la poursuivait, comme les hommes. Cette vision de l'évolution, par étage est erronée et amène des raisonnement fantaisistes de supériorité et infériorité évolutive entre espèces. Pour Darwin toute les espèces évoluent en même temps et ne s'arrêtent pas, les différences viennent de chemins évolutifs différents. L'homme et le chimpanzé sont tous les deux aussi évolué mais ont suivi des modifications différentes.

Malheureusement la théorie de Darwin sera enfermée dans sa tombe, et la période qui suit sa mort sera très Lamarckienne et très anthropocentriste, avec l'homme comme but de l'évolution. Ce ne sera que plus tard au XXe siècle que les théories de Darwin seront redécouvertes.